Na Babiej Górze występuje 106 gatunków wątrobowców, w tym 20 podlegających ochronie. Jeden z nich to endemit europejski (Scapania helvetica), 8 to gatunki rzadkie i bardzo rzadkie. Flora mchów liczy 279 gatunków. Wśród nich jest 80 gatunków chronionych, 11 znajdujących się na „Czerwonej liście mchów zagrożonych w Europie”, 34 na „Czerwonej liście mchów zagrożonych w Polsce”. Wśród roślin naczyniowych naliczono 626 gatunków. Występują tu 23 gatunki ściśle chronione i 33 podlegające ochronie częściowej. 20% stanowią gatunki górskie, co świadczy o wysokogórskim charakterze tego masywu. Flora jest w dużym stopniu naturalna: 90% to gatunki rodzime, 7% stanowią gatunki obcego pochodzenia, ale dawno przybyłe (archeofity)[13]. Z rzadkich w Polsce gatunków roślin występują m.in. tojad morawski, wyblin jednolistny, rogownica alpejska, okrzyn jeleni, zimoziół północny, turzyca pchla, tocja alpejska, gnidosz Hacqueta[14]. 4 z nich znajdują się w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin[13].
W 1954 w masywie Babiej Góry (wraz ze szczytem Diablak) utworzono Babiogórski Park Narodowy. W uznaniu cennych walorów przyrodniczych, a zwłaszcza dobrze wykształconych i zachowanych pięter roślinności, Babiogórski Park Narodowy został wpisany w 1977 przez UNESCO na listę światowych rezerwatów biosfery[15].
